平安時代末期には現在、温泉地内に薬師如来が祀られている薬王院温泉寺の基礎を築いたと言われる明覚上人により七堂伽藍が建立され、町は大いに賑わったとされる。
寺の境内には「めかくしさん」とよばれる明覚上人供養の石造五輪塔（室町時代、国の重要文化財）があり、現在は祠が建てられている。 戦国時代には明智光秀が訪れたともいわれる。
明治時代には多くの文化人に愛され、芸術家の北大路魯山人、詩人の与謝野晶子がその代表格。
戦後は北陸本線の電化、北陸自動車道の開通に伴い、関西の奥座敷として発展し、そのトップリーダーであった。年間250万人以上の人が訪れ、同時に日本有数の歓楽街も発達した。
しかしながら1980年代から客足は次第に鈍り、世の中のニーズの変化に伴い、急激な宿泊客減少を余儀なくされ、最盛期には50軒以上を数えた宿泊施設はほぼ半減し、県内トップだった宿泊客数も能登にある和倉温泉にその座を奪われるほど地位が低下した。
そこで、今日では文化や歴史的価値を重点に置いており、歴史的な温泉として、歓楽温泉のイメージ脱却を目指し、「九谷の里づくり」を一つの振興策として、山代ブランド化の推進・各種滞在プランの創出等の中で、多様な客層を受け容れられる体制を整えている。

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